В годы Великой Отечественной войны численность якутского скота резко сократилась. На это повлияли как социально-экономические, так и природные факторы — в том числе сильнейшая засуха.
В 1929 году в регион была завезена первая партия скота холмогорской породы из Архангельской области. С 1934 года — симментальскую породу. Началось массовое скрещивание якутского скота с холмогорскими и симментальскими быками-производителями.
В 1950-е годы якутская корова была признана неэффективной для нужд совхозов, и её начали вытеснять крупные породы. Это привело к тому, что к началу 1960-х годов якутский скот практически исчез в Центральной Якутии.